Non bene accettato da quest’ultimo, il Pigafetta seppe conquistarne gradualmente la stima, fino a diventare il suo criado (uomo di fiducia). Sorte volle tuttavia che la loro amicizia non durasse: il 27 aprile 1521 Magellano venne ucciso sulla piccola isola di Mactan dagli indigeni dell’isola di Cebu, nell’arcipelago delle Filippine. Anche Pigafetta rimase ferito, ma non mortalmente, negli scontri.

Morto Magellano, Pigafetta assunse ruoli di maggiore responsabilità nell’equipaggio, in particolare gestendo le relazioni con le popolazioni nelle quali si imbatterono. Tornato in patria con gli altri diciassette superstiti della spedizione, scrisse la “Relazione del primo viaggio intorno al mondo”. L’opera oggi è considerata uno dei più preziosi documenti sulle grandi scoperte geografiche del XVI secolo.